Научно-производственное объединение «Микроген» образовано в мае 2003 года в результате слияния государственных предприятий, производящих медицинские иммунобиологические препараты и другие лекарственные средства. В соответствии с решением правительства Российской Федерации, объединение было создано с целью обеспечения потребности страны в профилактических, диагностических и лечебных иммунобиологических препаратах. Полномочия учредителя ФГУП «НПО «Микроген» до 2017 года осуществляло Министерство здравоохранения Российской Федерации.
В 2017 году в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 17.03.2015 г. №139 «Об имущественном взносе Российской Федерации в Государственную корпорацию по содействию разработке, производству и экспорту высокотехнологичной промышленной продукции «Ростех», а также в рамках реализации предусмотренных законодательством России юридических преобразований ФГУП «НПО «Микроген» Минздрава России было преобразовано в акционерное общество «Научно-производственное объединение по медицинским иммунобиологическим препаратам «Микроген» (АО «НПО «Микроген»). Акции АО НПО «Микроген» находятся в федеральной собственности и переданы в качестве имущественного взноса Российской Федерации Госкорпорации Ростех.